爱硒健康,提供乳腺癌、肺癌等癌症康复前期预防及后期癌症康复计划

伴随诊断精彩荟萃——立足创新技术 实现精准诊疗

转发文章到朋友圈,扫描二维码或微信623296388,截屏给硒教授,赠癌症食疗电子书

 

引言

2021年CSCO大会期间,以“精准 | 见‘微’知著,引以为‘融’”为主题的肿瘤伴随诊断专场会于9月28日成功举办。在广东省人民医院吴一龙教授、上海交通大学附属胸科医院陆舜教授及中国医学科学院肿瘤医院王洁教授的带领下,北京大学人民医院杨帆教授、郑州大学第一附属医院姜国忠教授、四川大学华西医院王永生教授等多位临床专家齐聚一堂,分享了微小残留病灶(MRD)检测、DNA+RNA双重融合检测及液体活检PD-L1表达检测等多个临床痛点难点的技术新进展与新突破。

极致推进,谱写MRD检测新华章

MRD被认为是肿瘤术后复发的根源,但难以被传统影像学、血清学以及病理学在内的现有检测方法发现,临床亟需便捷、无创,且能直接反应肿瘤状态、提供肿瘤进展信息的新诊断方法。

多项研究数据已表明,通过ctDNA检测MRD具有潜在应用价值,并在多个瘤种中具有应用的可行性。但通过ctDNA检测MRD存在3项技术挑战:(1)并非所有肿瘤均释放可被检测到的ctDNA;(2)ctDNA丰度低,代谢快;(3)克隆性造血突变干扰。因此基于ctDNA检测MRD对技术的灵敏度提出了更高的要求。

如何提高ctDNA检测灵敏度?扩大检测范围、提高测序深度、增加检测频率及采血量等手段是常规可用的方法,但在临床应用中存在限制,难以从根本上解决灵敏度的问题。以CAPP-Seq、TRACERx、MRDetect为代表的国际研究分别在不同的方向为大家提供了参考。

在技术不断探索的同时,临床应用问题,如术后检测的最佳时间等,同样需要解答。一项由北京大学人民医院胸外科王俊院士团队与和瑞基因共同合作的Dynamic研究于2019年刊登在《Clinical Cancer Research》上,该研究是全球首个精准评估ctDNA围手术期动态变化的前瞻性研究,也是亚洲首个应用ctDNA监测肺癌术后MRD的研究。

该研究采用和瑞基因自主研发的cSMART技术,前瞻性地评价了ctDNA在完全切除术后的代谢规律,发现ctDNA的半衰期约为半小时,术后3天可作为术后MRD监测的最佳时间点。该项研究在线刊登仅两周,即被《Nature Reviews Clinical Oncology》列为亮点研究,并专门撰文评述。

基于Dynamic研究,和瑞基因持续深耕细作,探索MRD检测优化方案,并于CSCO期间推出了实体瘤MRD检测方案——和预安,专为围手术期实体瘤患者设计开发,可用于动态评估围手术期MRD的状态,提示患者术后复发风险,同时可为用药治疗和预后预测提供参考信息,助力患者的全病程管理。

和预安检测方案优势

该检测方案首先对患者的肿瘤组织进行实体瘤大panel基因检测,获得患者基因变异图谱,同时为患者的新辅助/辅助治疗提供靶向、化疗、免疫用药提示。然后,基于专属MRD检测panel对手术后的血浆样本进行多时间点、超高灵敏度动态监测,帮助患者提早发现疾病复发,提高患者的生存获益。

对于通过ctDNA检测MRD这一方向,北京大学人民医院的杨帆教授表示:技术创新助力MRD检测实现更多突破,以和瑞基因为代表的创新科技公司,在技术水平上已经不输于国外的技术。希望MRD检测技术能够更加成熟,并得到临床应用价值的验证,从而彻底改变无法选择术后辅助治疗的患者及无法评价疗效的临床困境。

攻克难关,

掀起DNA+RNA融合基因检测新时代

实体瘤MRD检测方案为术后复发风险检测及辅助治疗患者识别提供了可靠的途径,为肿瘤精准治疗提供了信息参考。靶向药物作为肿瘤精准治疗的另一重要手段,如何洞悉基因融合检测的奥秘,成为当下热点研究方向之一。

基因融合并非偶发性事件,其在多种实体瘤中均有发生。2018年《Cell》发表文章显示,在9624例样本中,16.5%患者检测到基因融合,6%患者存在用药相关融合。随着研究的深入与靶向药物的研发,融合基因精准检测的重要性愈发凸显,并成为患者精准用药及获益的前提。

目前检测基因融合的技术有: 荧光原位杂交技术(FISH)、二代基因测序(NGS)、逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)、免疫组织化学(IHC),这些方法各具优势,其中NGS通量高,可在DNA及RNA水平检测融合基因、已知或未知的基因,是目前临床融合基因检测公认的最佳平台。

融合不仅可以发生在DNA水平,还可以发生在RNA水平上。DNA水平上的基因融合发生机制包括染色体内/间的异位、大片断的插入或缺失等,这些均可导致不同位置的基因出现拼接,形成新的蛋白。RNA水平上,转录过程中的“通读事件”也可能产生融合蛋白,由于该融合不涉及DNA水平的重排,因此无法通过DNA水平分析发现。

在实际临床应用中,存在DNA-RNA序贯检测和DNA+RNA并行检测两种策略。相比于序贯策略,DNA+RNA并行检测,在克服单DNA或单RNA局限性的同时,可以最大化检查融合,并节约样本、时间,对患者更有益。

郑州大学第一附属医院的姜国忠教授在会议中分享了其与和瑞基因共同合作的研究成果。该研究利用和瑞基因的前沿技术,在非小细胞肺癌NCCN指南推荐检测模式——DNA+RNA 并行NGS法检测基因融合的基础上,优化探针设计,使DNA-panel 的探针覆盖常见融合伴侣基因的内含子区域,成功识别了3类14例复杂ALK重排。

姜国忠教授指出,无论是DNA检测还是RNA检测,在实际临床中均存在局限性及挑战,DNA+RNA并行检测可更有效地检测融合基因。和瑞基因是郑州大学第一附属医院引进的优秀分子诊断平台,在创新产品和技术开发等方面不断创新和优化,比如自2017年开始采用DNA+RNA双重检测,并通过不断优化RNA的保存、提取及建库体系,可保障92%的样本实现DNA+RNA的双检。

同时,为最大程度提升DNA融合检测,和瑞基因针对融合基因和伴侣基因同时设计探针,增加探针覆盖密度,并对如ROS1基因31号内含子区域这种难点区域,持续优化捕获策略,并自主开发了SVscan®算法,依托这些原创技术和优化的检测体系,实现了融合的高精准检测。

在更高难度的、利用液体活检进行融合检测的深入探索中,和瑞基因持续技术创新,自主研发SpCap cfRNA技术突破技术瓶颈,可以实现cfRNA更便捷、快速提取,更高效稳定建库及目标基因富集和检测性能,助力真正实现DNA+RNA融合检测。未来,和瑞基因还将继续探索SpCap cfRNA技术在脑脊液、唾液、肺泡灌洗液等中的性能。

和瑞基因DNA+RNA血检SpCap技术

“基于cfRNA的融合技术的开发,有望实现血液中DNA+RNA双重检测。随着和瑞基因等优秀企业技术的不断研发和创新,融合的检出以及对融合的认识将越来越深入,诊疗越来越精准。” 姜国忠教授评价到。

以患为利,

探索液体活检水平PD-L1表达检测新方案

藏于基因的信息不仅为靶向治疗的应用做出指引,也为免疫治疗获益人群的精准识别提供“钥匙”。免疫疗法的问世,改变了多个瘤种的治疗格局,为患者带来长期的生存获益。与靶向治疗类似的是,如何做出更精准的免疫治疗决策?成为当前阶段临床研究的重点方向之一。

与靶向治疗有所不同,免疫治疗方案的确定需从多维度综合考虑,如肿瘤细胞、肿瘤微环境、外周循环因素、不良反应及超进展等。其中,程序性死亡配体1(PD-L1)表达是临床中应用最广泛、可及性最强的免疫治疗标志物之一,为临床治疗策略的制定提供可靠的指导。

尽管PD-L1检测应用广泛,但其仍存在诸多挑战,如PD-L1免疫组化检测平台标准多样、PD-L1表达的时空异质性等,均能影响PD-L1检测的预测价值。此外,临床大量患者存在组织不可及的问题,难以实现PD-L1免疫组化检测。

通过液体活检进行PD-L1表达检测是否可行?随着对PD-L1基因探索的深入,多项研究表明PD-L1基因3’ UTR变异能够良好地预测免疫治疗的疗效,是潜在的生物标记物。PD-L1基因位于9号染色体,具有7个外显子,通过转录形成mRNA。mRNA水平主要受到microRNA调控,PD-L1基因3’ UTR能与microRNA结合,促使mRNA降解。PD-L1基因3’ UTR变异会影响microRNA结合,导致PD-L1的表达上调。

在临床应用中,PD-L1基因3’ UTR变异检测存在多项挑战:(1)常规panel设计仅覆盖变异热点区域或外显子区域,基因3’ UTR区的重要性往往被忽略;(2)PD-L1基因3’ UTR破坏性变异往往为结构变异,探针覆盖难度大,生信分析难度大;(3)针对液体活检样本,ctDNA含量低、片段化严重,对结构变异检测难度更大。

三座“大山”横亘在基因结构变异检测之路上,对无论是探针设计还是生信算法均提出了更高的要求。优化探针设计、进行DNA+RNA双重检测及开发针对3’ UTR结构变异的生信算法是突破现有技术困境的方法。对此,国内肿瘤全病程管理基因检测代表企业——和瑞基因,通过优化探针覆盖区域及捕获策略,利用其在DNA+RNA双重检测领域深耕多年的优势,搭配自主研发的SVscan®专利算法,正面“迎接”基因结构变异检测的挑战。

四川大学华西医院的王永生教授介绍到,临床实际中,和瑞基因的和全安——实体瘤全靶点基因检测(654基因)产品已发现7例PD-L1基因3’ UTR结构变异,包括染色体内易位、染色体缺失、染色体间易位三种类型,且血液ctDNA与肿瘤组织DNA检测一致性达100%。

此外, PD-L1基因的拷贝数改变同样具有良好的预测价值。和全安——实体瘤全靶点基因检测(654基因)产品采用多维度PD-L1检测策略,除免疫组化的PD-L1蛋白表达水平检测外,还会同时进行PD-L1基因拷贝数变异检测及PD-L1基因3’UTR区域检测,以帮助实现更好的免疫治疗指导。

和瑞基因654大Panel具有PD-L1多维度检测优势

期待未来包括PD- L1基因的拷贝数变异以及3′UTR区破坏性变异检测在内的PD-L1多维度检测,可以成为临床便捷使用的液体活检水平PD-L1表达检测方式之一,从而帮助组织不可及患者预测PD-L1表达水平,实现精准免疫治疗。

尾声

和瑞基因凭借多项创新性研究、自主研发的领先技术及不断落地的突破性产品,进一步夯实了国内肿瘤全病程基因检测领跑者的地位。上海交通大学附属胸科医院陆舜教授表示,和瑞基因伴随诊断专场会主题与CSCO大会主题“聚焦创新研究,引领原创未来”紧密相扣。

精准诊断领域是和瑞基因立足的前沿,和瑞基因实现了真正的DNA+RNA双重融合检测,显著提高融合基因的检出准确性,使更多患者获得精准治疗。和瑞基因在创新研究及引领原创领域的成绩有目共睹,期望通过和瑞基因的数据触发更多对于肿瘤诊疗的思索及实践。

加硒教授微信:623296388,送食疗电子书,任选一本

本文来自互联网,若有版权问题,请联系编辑及时删除。癌症康复-广东爱硒健康管理有限公司官网 » 伴随诊断精彩荟萃——立足创新技术 实现精准诊疗

分享到:更多 ()

评论 抢沙发

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址

提供乳腺癌、肺癌等癌症康复前期预防及后期癌症康复计划

联系我们硒教授微信:623296388