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MET基因异常的检测方法怎么选?这里有答案

*仅供医学专业人士阅读参考

不同的基因异常,就要考量不同因素进行检测!

非小细胞肺癌(NSCLC)的靶向治疗近年来进展迅速,除经典的EGFR/ALK两大敏感突变外,多个检出率在1%-5%的驱动基因突变,如MET14号外显子跳跃突变、RET融合等也成为靶向药物的研发热点。多个位点在我国也已有新药可用,且临床研究显示靶向上述位点的治疗药物疗效显著,可有效改善患者预后。

“精准治疗,检测先行”,随着靶向MET的酪氨酸激酶抑制剂(TKI)类药物在我国获批,临床工作者在日常工作中也应重视对MET基因异常的检测,从而为更多患者提供接受靶向治疗的机会。针对临床实践中的不同情况,应采取的检测方法也会有所不同,本文将对这一问题进行阐释。

01

MET14号外显子跳跃突变

MET14号外显子跳跃突变在NSCLC中的突变频率约为3%-4%[1]。从发生机制来看,MET14号外显子跳跃突变中的“跳跃”,是指MET mRNA中14号外显子丢失的现象,通常由RNA剪接异常导致。
 
正常情况下,基因的DNA转录到mRNA,再翻译为蛋白的过程中,需要将内含子剪切除去,并将外显子有序链接,形成一个连续的mRNA分子。

而MET 14号外显子内部、周围内含子的剪切相关区域发生突变,或是全外显子完全缺失时,就会导致14号外显子被错误剪切而丢失,而转录出的mRNA上会出现13和15号外显子融合,因此这种突变才被称为“MET14号外显子跳跃突变”。受突变影响而异常转录的mRNA被翻译后,就会导致下游信号通路异常激活而促癌[1]
针对MET14号外显子跳跃突变的特点,目前临床采用的检测方法,主要是使用二代测序(NGS)或逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)两种方法,在RNA层面检测缺失14号外显子的mRNA,或以NGS法在DNA层面检测组织或细胞学样本中的基因变异。此外,传统的Sanger测序也有使用,而在组织或细胞学样本不可及时,以血浆液体活检方式检测循环肿瘤DNA(ctDNA)也可作为补充[1-2]
值得注意的是,我国《非小细胞肺癌分子病理检测临床实践指南(2021版)》提出,在临床实践中对MET14号外显子跳跃突变的检测,可与其他驱动基因变异同时检测,或对其他驱动基因变异阴性的患者进行单独检测[2]。由于NGS法可一次性检测多种驱动基因突变,其有希望成为临床最常采用的检测方法[1]

有研究显示,RNA-NGS检测的准确度和突变检出率高于DNA-NGS[3],这可能与DNA-NGS基因探针覆盖范围不够有关。《非小细胞肺癌分子病理检测临床实践指南(2021版)》建议DNA-NGS检测应尽量涵盖第14号外显子外,如第13或14号内含子上可能发生剪切变异的区域;而RNA-NGS检测在临床实践中应注重mRNA质量,在检测前应做好质控,如发现mRNA已经降解建议重新取材检测[2]

02

MET扩增

MET扩增包括原发扩增和继发扩增,其中继发扩增较多见于经TKI类靶向药治疗进展后的驱动基因阳性患者,是重要的旁路耐药机制,扩增形式则有两种,分别是局部扩增(focal amplification),即单条染色体上有多个拷贝数;以及染色体多体(polysomy),即出现多条7号染色体,反应为着丝粒(CEP)的数量增加,但单条染色体上拷贝数未增加[4]

荧光原位杂交技术(FISH)是当前检测MET扩增的标准方法,以荧光探针标记MET基因和7号染色体CEP数,计算MET拷贝数及比例,可直接观察单个肿瘤细胞的MET扩增状态。但目前学界对FISH检测MET扩增的判读标准尚未达成共识,有研究认为MET基因拷贝数(CNG)≥5,且MET/CEP7比值≥2.0可定义为MET基因扩增,该标准已应用于多项靶向治疗临床研究[5],而CNG≥5但MET/CEP7比值<2可定义为MET多体[4]
NGS法也可用于MET扩增的检测,其基于受检样本与对照的测序信号进行对比,计算出MET拷贝数变化。但目前不同NGS检测平台对MET扩增检测的流程、CNG和阈值尚未达成共识,NGS检测结果与FISH检测的对应性也不理想,可能出现检测结果不一致的情况[5],此外NGS检测还可能遗漏MET多体[2]

我国《非小细胞肺癌分子病理检测临床实践指南(2021版)》认为,如有充足的肿瘤组织标本,可以考虑优先选择NGS检测MET扩增;对于检测结果不能确定、有扩增信号但不典型或者位于临界值的患者,应建议使用FISH进行复测;对于特殊患者人群,如EGFR-TKI耐药后发生T790M突变,及其他耐药机制阴性人群,或者组织标本肿瘤细胞含量较低时,考虑到NGS检测CNG可能存在的漏检风险,提示MET扩增阴性时仍可考虑FISH复测[2]

03

MET过表达

除MET14号外显子跳跃突变和扩增外,MET蛋白过表达也是MET基因异常的一种,其水平一般通过免疫组织化学(IHC)法检测。IHC法是相对成熟的检测技术,且多数医院和检测机构均可开展,检测可及性较好,但不同研究中对MET过表达的判读标准尚不一致,且MET过表达与患者预后的关联尚不明确,目前还很少作为临床应用的生物标志物[4]

MET基因异常是近年来NSCLC靶向治疗探索的热点,部分患者已能从治疗中显著获益,以已在我国获批的MET-TKI赛沃替尼,治疗MET14号外显子跳跃突变阳性NSCLC患者为例,近期在欧洲肺癌大会(ELCC)上公布的最新研究数据显示,赛沃替尼治疗患者总人群的中位总生存期(OS)可达12.5个月,实现了显著的生存获益[6]

因此,针对不同类型MET的基因异常,临床实践中应综合考量患者疾病特征(如肺肉瘤样癌多见MET14号外显子跳跃突变)、既往治疗状况(如是否为TKI类靶向药耐药)、检测可及性等因素,选择相对最合适的检测方法,以进行准确的分子诊断,为患者提供靶向治疗机会。

参考文献:

[1].Socinski M A, Pennell N A, Davies K D. MET Exon 14 Skipping Mutations in Non–Small-Cell Lung Cancer: An Overview of Biology, Clinical Outcomes, and Testing Considerations[J]. JCO Precision Oncology, 2021, 5: 653-663.

 
[2].中华医学会病理学分会, 国家病理质控中心, 中华医学会肿瘤学分会肺癌学组, 等. 非小细胞肺癌分子病理检测临床实践指南(2021版)[J]. 中华病理学杂志, 2021, 50(4): 323-332.

 
[3].Subramanian J, Tawfik O. Detection of MET exon 14 skipping mutations in non-small cell lung cancer: overview and community perspective[J]. Expert Review of Anticancer Therapy, 2021, 21(8): 877-886.

 
[4].Recondo G, Che J, Jänne P A, et al. Targeting MET dysregulation in cancer[J]. Cancer Discovery, 2020, 10(7): 922-934.

 
[5].Peng L X, Jie G L, Li A N, et al. MET amplification identified by next-generation sequencing and its clinical relevance for MET inhibitors[J]. Experimental Hematology & Oncology, 2021, 10: 52.

 
[6].Lu S, Fang J, Li X, et al. 2MO Final OS results and subgroup analysis of savolitinib in patients with MET exon 14 skipping mutations (METex14+) NSCLC [J]. Annals of Oncology, 2022, 33(S2): S27.

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